Bila je ovo treća i posljednja sezona u kojoj je Besim Duraković bio zvanični predsjednik kluba. Međutim, njegova sjenka bdiće i biće prisutna još dvije naredne sezone. Sa ovom sezonom završavao se trogodišnji ciklus u kome su uspostavljeni novi, poluprofesionalni standardi u trenažnom procesu i radu kluba uopšte. Zahvaljujući ovom periodu napravljen je značajan iskorak u odnosu na druge rukometne sredine i Gračanica će se zahvaljujući ovim temeljima etablirati u prepoznatljivu rukometnu sredinu u Bosni i Hercegovini, pa i šire. Nažalost, ova sezona bila je rezultatski najlošija, a da ni danas ne znamo odgovoriti zašto? Da li je djelomična smjena generacija kumovala lošem rezultatu, da li je došlo do zasićenja unutar personalnih odnosa igrača, trenera, uprave ili jednostavno nismo imali dovoljno sportske sreće, pitanja su na koja vjerovatno nikada nećemo dobiti odgovor.

U sezoni 1998/99 u istom formatu od 12 klubova, RK”Gračanica-Fering”, nakon izvanrednih uspjeha i osvojenog 4.mjesta u sezoni 1996/1997, odnosno 3.mjesta u sezoni 1997/1998, te izlaska u Evropu, zauzima tek razočaravajuće 7.mjesto. Ekipu je kao i predhodne dvije sezone vodio Jasmin Mrkonja. Prvak je bila “Bosna” Visoko, koja je uspjela vratiti titulu. Ligu je napustila ekipa RK”Goražde”. Novi prvoligaši postali su RK”Gradačac”, RK”Ilidža” i RK”Legno” Sarajevo. Nakon samo dvije sezone liga je ponovo od naredne sezone brojala 14 klubova.

Najveći hendikep za RK”Gračanica” u predmetnoj sezoni bila je činjenica da se od aktivnog igranja oprostio izvanredni, “mozak ekipe” Ernes Sokolušić, a takođe Jasmin Kahrimanović i Nedim Gazibegović napustili su klub zbog preseljenja u inostranstvo. Sa aktivnim igranjem završio je i Nedim Šaković.

Istina kao pojačanja došli su golman Daniel Sabljić i pivot Amir Muratbegović iz RK”Sloboda” Tuzla, te dijete dobojske Sloge, desni bek Jasmin Unkić koji je do tada igrao za RK”Kikinda”.

Pred početak prvenstva u sklopu priprema, održan je turnir u Gračanici koji su osvojili naši momci.

Nakon toga uslijedile su pripreme i međunarodni turnir u Italiji od 13.-19.jula, a destinacija po treći puta bio je Fondi.

Nakon pripremnog turnira u Gračanici i priprema u Italiji, ekipa je dočekala početak prvenstva.

U protekle tri sezone omiljeno mjesto za proslavu pobjeda i dobrih rezultata bila je caffe “Patria”, vlasništvo predsjednika Durakovića.